解放军虽然很看重古宁头战役的失利教训，但并没有将其视为重要战役。中国人民解放军国防大学教授徐焰在其着作中，称金门战斗失利只是第二次国共内战末期一个小cHa曲，仅是暂时延缓解放军攻取东南沿海岛屿，并未影响全局。解放军多次检讨与总结，开始重视渡海作战特殊规律，再经过登步岛战役失利总结，解放军初步掌握渡海作战规律。
古宁头战役结束後，东南沿海岛屿被x1取经验的解放军逐步夺取或因战略理由撤退。
古宁头战役後半年，解放军随即攻占海南岛。
之後相继攻占相对简单的、万山群岛及1955年的一江山岛。不过防御坚强的金门及其他岛屿始终无法越雷池一步。
战後发展
古宁头战史馆
此战役後，守第一线的二零一师回台湾整补，而胡琏之第十二兵团则於12月1日奉命就地改为金门防卫司令部。汤恩伯代理总司令及李良荣兵团司令奉命赴台湾，第十八军军长高魁元一直做到陆军总司令、参谋总长、国防部长。
指挥官争论
由於在古宁头战役前夕，更动金门地区最高指挥官，由胡琏出任兵团司令官及福建省主席，接管金门防务。古宁头战役开打後第三天，胡琏始抵达金门赴新任，因此尔後发生了金门保卫战指挥权归谁的争论。主要的争论焦点在汤恩伯与胡琏，此外也有认为系第十八军长高魁元或第二十二兵团司令李良荣实际指挥者。
此外，传言汤恩伯聘请前日军将领根本博化名为林保源为顾问，一说他建议後撤让解放军上岸，然後破坏船只阻止增援，从而加以围歼。
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